穆勒在2009-10赛季被时任主教练路易斯·范加尔提拔至拜仁慕尼黑一线队，截至2014年6月11日。他为拜仁出场256次，攻入101球，已经成长为拜仁的前场进攻核心。 在2010年南非世界杯中，穆勒出场6次贡献5粒进球3次助攻，随队获得季军，荣膺世界杯金靴奖、世界杯最佳新秀。2012-13赛季穆勒帮助拜仁慕尼黑首度加冕三冠王。 在2014巴西世界杯中，穆勒出场7次贡献5粒进球3次助攻。协助德国队第四次捧起世界杯冠军奖杯，并荣膺世界杯银球奖 、世界杯银靴奖 ，也成为世界上第三位连续两届世界杯都能至少攻入五球的超级射手。
被中国球迷称之为“二娃”的穆勒，在世界足坛来说都是非常深受喜欢的球员之一。这和他精湛的球技是密不可分的
下面来说说托马斯·穆勒
托马斯·穆勒，这个名字在德国来说，是个非常非常普通的名字，和他的长相一样也是在万众丛中很普通的一个人。并没有太过于亮眼，球技呢？作为一名前场球员（无论中锋还是影锋）射术精湛来形容他，感觉太过于浮夸。因为现代中锋比他身术好的球员太多了，拜仁队内第一射手也毫无争议的是莱万多夫斯基。同样作为前场球员速度快的特点在他身上根本找不到，无论是当年的罗贝里组合和转会尤文的道格拉斯·科斯塔，还是现在的科曼，在速度方面可以甩穆勒好几条街。身体对抗方面，穆勒也没有太大的优势。但是拜仁的穆勒永远就是绝对的主力，一个状态好的穆勒是所有球队必须要重点盯防的那个人。
既然穆勒那么普通，有什么能力在拜仁坐稳主力，而且屡屡建功呢？就是因为穆勒的全面，以及无球跑位和门前嗅觉，绝对是世界级别的。托马斯·穆勒虽说什么都很普通，但是样样都精通，而且都算上乘。比他速度快的人很多，但是这些人没有他的拿球做球能力。比他身体对抗强的又没有他短距离的爆发力。更重要的就是无球跑动的拉扯，穆勒的无球跑动能力几乎足坛没有多少人可以与之媲美，他最大的特点通过他的跑位拉扯敌方防线，来为自己的球队获得进攻空间创造机会！
2012/2013赛季是德甲的第50个赛季，托马斯·穆勒以13次助攻与多特蒙德右前卫布拉什奇科夫斯基并列第二。同时他还有13个德甲进球和8个欧冠进球（是队内欧冠进球最多者）。拜仁同时在此赛季打破最高积分、最早夺冠（提前6轮）、最少丢球、最多胜场、最多连胜、最多零封等多项德甲历史纪录。穆勒绝对功不可没。
随后德国杯凭借托马斯·穆勒的点球和马里奥·戈麦斯的梅开二度，最终拜仁以3-2击败斯图加特夺得2013年德国杯，成为了德国足坛史无前例的三冠王球队。向去年的“三亚王”彻底说再见！
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